员工自行缴纳社保、单位给予补贴的行为是否合法，需结合法律法规具体分析。《中华人民共和国社会保险法》第五十八条明确：“用人单位应自用工之日起三十日内为职工向社保经办机构办理社保登记。未登记的，由经办机构核定缴费额。”第八十四条规定：“用人单位不办理社保登记的，社保行政部门责令限期改正；逾期不改的，处应缴社保费1倍以上3倍以下罚款，直接责任人处500元以上3000元以下罚款。”
在此情形中，单位未依法办理社保登记并缴纳社保，却以补贴替代，属于违法行为。无论双方是否达成协议，均不能免除单位的法定缴纳义务。因此，该行为不合法，单位需承担补缴社保及相应罚款的法律责任。
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员工自行缴纳社保、单位给予补贴的行为，存在以下法律风险点，可能损害员工权益：
1. 社保待遇享受受限风险：若员工自行缴纳社保的基数低于单位应缴基数（如单位按最低基数发放补贴，员工自行按更低标准缴纳），会导致养老保险账户金额减少、医保报销比例降低。例如，员工生病住院时，因医保缴费基数低而无法报销较高比例医疗费用，或退休后养老金低于正常水平。
2. 单位要求返还补贴的风险：若社保部门责令单位补缴社保，单位可能以“已发放补贴”为由要求员工返还。例如，单位补缴过去两年社保共计5万元，可能要求员工返还同期发放的3万元补贴，导致员工既支出自行缴纳社保费用，又需返还补贴，面临双重经济压力。
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处理员工自行缴纳社保、单位给予补贴的问题时，以下特殊情形会影响处理结果：
1. 非全日制用工形式：根据《社会保险法》，非全日制从业人员可直接向社保费征收机构缴纳社保，用人单位仅需缴纳工伤保险（无需缴纳全部社保）。若员工为非全日制用工，单位发放的补贴若针对养老保险、医疗保险等非强制缴纳部分，需区分性质——若针对工伤保险则仍属违法；若针对其他非强制险种，处理方式与全日制用工不同。
2. 单位因不可抗力协商补贴：《社会保险法》第六十条规定，用人单位非因不可抗力等法定事由不得缓缴、减免社保费。若单位因自然灾害、重大疫情等不可抗力导致经营困难，经社保部门批准缓缴社保并与员工协商发放补贴，待缓缴期满后补缴，此时补贴行为具有合理性，但需以获得社保部门批准为前提，否则仍属违法。
3. 员工已在其他单位缴纳社保（如兼职人员）：若员工与单位存在劳动关系，即使其在其他单位缴纳社保，单位仍需为其缴纳社保（社保账户可合并），不得以此为由发放补贴代替。但若与单位为劳务关系（非劳动关系），单位无缴纳义务，发放的补贴属劳务报酬，不涉及社保违法问题。
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员工自行缴纳社保、单位给予补贴的行为是否合法，需结合法律规定和实际情况判断。总体而言，该做法不合法，具体分析如下：
1. 单位未缴纳社保仅以现金补贴代替：根据《社会保险法》，用人单位必须为职工缴纳社保，这是法定强制性义务，不得以补贴形式免除。即使双方协商一致，该约定也因违反法律强制性规定而无效。
2. 员工已以灵活就业身份自行缴纳社保：单位不能以员工自行缴纳为由拒绝履行代扣代缴义务，员工可要求单位补缴其应承担的社保部分，已发放的补贴不能抵消单位的法定义务。
3. 单位与员工签订“自愿放弃社保协议”并发放补贴：此类协议因排除员工法定权利、违反社保强制性规定而无效，员工仍有权要求单位补缴社保，单位还可能面临社保部门的行政处罚。

（注：
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重写后删除重复的“不合法”表述，并整合为更简洁的引导性结论，保持法律逻辑的同时增强可读性。）

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